Ook tussen de provincies onderling is sprake van aanzienlijke prijsverschillen. De provincie Zeeland is het duurst met 5.000 euro voor de onttrekking van 200.001 kubieke meter grondwater, de provincies Noord-Holland en Utrecht het goedkoopst met 1.700 euro per 200.001 kubieke meter ontrokken grondwater. De Rijksheffing kent daarentegen geen tariefdifferentiatie, terwijl de grondwaterstanden in Nederland per regio fors verschillen. Maar ook de wijze van heffing verschilt. De provincies heffen doorgaans op aanslag, maar het Rijk gaat uit van aangifte door de belastingplichtige. Volgens NVB werkt dit niet alleen zeer verwarrend, maar is het ook nog eens klantonvriendelijk aangezien een onderneming die verzuimt aangifte te doen stevig kan worden beboet.

Uit het onderzoek blijkt verder dat de grondwaterstand niet of nauwelijks wordt beïnvloed door tijdelijke bronmalingen. Wat wel structureel invloed heeft op de grondwaterstand zijn ondergrondse bouwwerken. NVB is dan ook een groot voorstander van een algehele vrijstelling voor het tijdelijk ontrekken van grondwater aan een bouwput.

Mocht echter de heffing op grondwaterbelasting in de huidige vorm blijven bestaan, dan pleit NVB voor een geïntegreerde heffing van het Rijk en de provincies. Deze belasting zou vanwege het geringe effect van onttrekkingen op de grondwaterstand op het milieu een lager tarief dienen te hebben dan de huidige Rijksbelasting. Daarbij zou per regio een onderscheid moeten worden gemaakt, omdat de grondwaterstand ook per regio fors verschilt. Tevens zou volgens NVB sprake moeten zijn van een ruimere drempelvrijstelling en dient de heffing via aanslagen plaats te vinden en niet via aangiften.